В 1929г. возведен в сан архиепископа

Несмотря на тяжесть обстоятельств, архиепископ Филипп продолжал неколебимо и спокойно настаивать на возврате православным всех захваченных обновленцами церквей, и в результате раскольники начали искать способ примириться с епархией. Ни о каком компромиссе с ними Владыка Филипп не хотел и слышать. Он категорически требовал возвращения захваченных храмов и присоединения раскольничьего духовенства через покаяние. Приходы, бывшие в руках обновленцев, потянулись назад, к Патриаршей Церкви. Это вызвало недовольство властей, и осенью 1929г. его арестовали

Архиепископа Филиппа арестовали 26.09.1929г. под праздник Воздвижения Креста Господня. В те же дни были арестованы еще четверо наиболее видных и деятельных астраханских священнослужителей: протоиереи Стефановский Дмитрий Андреевич, Наследышев Василий Андреевич, Покровский Евгений Иванович, Алимов Дмитрий Емельянович

Групповое дело "Дело Астраханской "Поповской пятерки", Астрахань, 1929–1930гг." 

Был обвинен в "контрреволюционной агитации" и "создании контрреволюционной группировки ссыльного духовенства и церковников".
Все обвиняемые (Владыка Филипп и остальные четверо арестованных священнослужителей) были приговорены к высылке в Северный край

Владыку Филиппа отправляли из Астрахани к месту ссылки 1 марта 1930г. Многие верующие пришли в тот день проводить его из тюрьмы на вокзал. Охранявшие архиерея конные милиционеры грозились арестовать всякого, кто только приблизится к конвоируемым. На вокзале Владыку и других осужденных погрузили в товарный вагон. Поезд тронулся без промедления

Невзирая на дальнее расстояние от Астрахани, Владыка по-прежнему считал себя ответственным за поддержание порядка в епархии и за наставление верующих. На место служения, к астраханцам, от Владыки открыто и тайно шли письма, в которых он беседовал с паствой так живо и просто, как будто имел каждого у себя перед глазами. Астраханцев утешали и ободряли его письма, тем более, что нового архиерея, чтобы заместить Владыку Филиппа, в Патриархии не нашлось, и кафедра оставалась не занятой. Астраханскую кафедру временно принял на себя епископ Саратовский Петр (Соколов), в ведении которого в те годы и без того находилась громадная территория на Юге России. В ссылке архиепископ приступил к литературно-богословской деятельности. Он составил для своих чад руководство в духовной жизни "Путь, и Истина, и Жизнь", которое переслал в Астрахань. Весной 1931г. против него снова было возбуждено следственное дело