Несмотря на тяжесть обстоятельств, архиепископ Филипп продолжал неколебимо и спокойно настаивать на возврате православным всех захваченных обновленцами церквей, и в результате раскольники начали искать способ примириться с епархией. Ни о каком компромиссе с ними Владыка Филипп не хотел и слышать. Он категорически требовал возвращения захваченных храмов и присоединения раскольничьего духовенства через покаяние. Приходы, бывшие в руках обновленцев, потянулись назад, к Патриаршей Церкви. Это вызвало недовольство властей, и осенью 1929г. его арестовали