Владыку Филиппа отправляли из Астрахани к месту ссылки 1 марта 1930г. Многие верующие пришли в тот день проводить его из тюрьмы на вокзал. Охранявшие архиерея конные милиционеры грозились арестовать всякого, кто только приблизится к конвоируемым. На вокзале Владыку и других осужденных погрузили в товарный вагон. Поезд тронулся без промедления

Невзирая на дальнее расстояние от Астрахани, Владыка по-прежнему считал себя ответственным за поддержание порядка в епархии и за наставление верующих. На место служения, к астраханцам, от Владыки открыто и тайно шли письма, в которых он беседовал с паствой так живо и просто, как будто имел каждого у себя перед глазами. Астраханцев утешали и ободряли его письма, тем более, что нового архиерея, чтобы заместить Владыку Филиппа, в Патриархии не нашлось, и кафедра оставалась не занятой. Астраханскую кафедру временно принял на себя епископ Саратовский Петр (Соколов), в ведении которого в те годы и без того находилась громадная территория на Юге России. В ссылке архиепископ приступил к литературно-богословской деятельности. Он составил для своих чад руководство в духовной жизни "Путь, и Истина, и Жизнь", которое переслал в Астрахань. Весной 1931г. против него снова было возбуждено следственное дело