Архиепископа Филиппа арестовали 26.09.1929г. под праздник Воздвижения Креста Господня. В те же дни были арестованы еще четверо наиболее видных и деятельных астраханских священнослужителей: протоиереи Стефановский Дмитрий Андреевич, Наследышев Василий Андреевич, Покровский Евгений Иванович, Алимов Дмитрий Емельянович