По примеру Патриарха Тихона в ноябре 1921г. епископ Назарий выступил с воззванием о сборе пожертвований в пользу голодающих Поволжья, поддержав усилия гражданской власти. Однако весной 1922г. в губернии началась кампания по насильственному изъятию церковных ценностей. Для недопущения могущих быть столкновений преосвященный выпустил два воззвания к верующим, опубликованных на страницах местной газеты "Красноярский рабочий". Он писал:
    "Изъятие церковных ценностей, в пользу голодающих, не противоречит
     каноническим правилам Православной Церкви. Нельзя церковную утварь брать
     в собственность, нельзя использовать для частных нужд, как обыкновенную
     вещь, посуду. Но отдать ее в пользу голодающих не является делом,
     противоречащим религии" [Зв1 (Архив УФСБ РФ. Д.П-4364. Л.36.)]. 28 апреля 1922г. в присутствии архиерея было совершено "изъятие" в кафедральном соборе. Члены комиссии остались недовольны лишь тем, что их "работа"
    "нарушалась нервозностью понятых и особенно епископа, который, видно,
     с большой жалостью расставался с совершенно лишними для совершения культа
     вещами".
Настроение в приходах Красноярска было тяжелое, имелись прецеденты сопротивления. Позже, отвечая на обвинения епископ Назарий сообщал:
    "Был случай, когда священник отказался снять серебряные ризы с престола,
     были протесты. Я лично, участвуя в процессе изъятия ценностей, однажды
     просил оставить церковные чаши, которых по причтам лишних не было, но
     просьба была без всяких настойчивых требований или претензий...
     Причем, по делу изъятия в двух храмах: Покровском — одежды с престола
     и в Благовещенском — ризы с почитаемой иконы, духовенство отказалось
     принять участие, за это были отданы под суд, и на суде, когда им было
     вынесено общественное порицание, то представители власти отметили, что
     эти священники не пожелали слушать своего епископа, которым были даны
     прямые указания — содействовать этому..." [Зв1 (Архив УФСБ РФ. Д.П-4364.
     Л.36–37.)]. Однако в целом кампания "изъятия" прошла без серьезных столкновений, о чем 20 июня 1922г. епископ Назарий написал благочинному 1 участка Минусинского уезда протоиерею Павлу Суховскому:
    "Процесс изъятия прошел у нас безболезненно, и я рад, что духовенство
     осталось верным основным задачам своего служения, определяя его
     в христианизации общества и отмежевании себя от всяких политических
     авантюр".
Позиция епископа Назария в отношении обновленческого раскола привела в сентябре 1922г. к его увольнению с Красноярской и Енисейской кафедры Сибирским церковным управлением (СибЦУ) в г.Томске, возглавляемым лидером обновленцев-раскольников Сибири протоиереем Петром Блиновым (впоследствии "митрополитом Сибирским"). Удаление законного архиерея с кафедры обеспечили гражданские власти, активно поддерживающие распространение раскола. Из письма Патриарху Тихону группы православных иереев и мирян г.Красноярска от 16 июля 1923г.:
    "В один воскресный день сентября месяца 1922г. Епископ Енисейский и
     Красноярский Назарий был вызван в местное ГПУ, где ему вручен билет
     на проезд по железной дороге до г.Томска и предложено с первым поездом
     отправиться в распоряжение СибЦУ (Сибцеркви).
     В город явился вновь назначенный СибЦУ лжеепископ Александр Сидоровский,
     бывший Епископ Зосима, в 1920г. отказавшийся от сана и веры, ныне женатый.
     Часть духовенства признала его Епископом и вошла в новое Церковное Управление,
     а часть, под сильным давлением гражданской власти (двое были посажены
     в подвал), должна была прекратить свои протесты. То же произошло
     с мирянами..." [Зв1 (РГИА. Ф.831. Д.218. Л.40.)]

По прибытии в Томск в сентябре 1922г., находясь под угрозой ареста в связи с антибольшевистскими проповедями периода гражданской войны, епископ Назарий уклонился в обновленческий раскол и поддержал тактику обновленческого епископа Томского Софрония (Арефьева) по оттеснению радикальной обновленческой группы "Живая Церковь" от управления сибирскими епархиями в пользу более умеренного "Союза церковного возрождения", созданного "архиепископом" Антонином (Грановским). Епископ Софроний попытался осуществить план по перехвату у живоцерковников управления сибирскими епархиями, учредив и возглавив Сибирскую церковную митрополию с центром в Новониколаевске. Однако этому плану не суждено было осуществиться: 8 октября 1922г., женатый протоиерей Петр Блинов был "хиротонисан" обновленцами во "епископа Томского и всея Сибири", что вернуло Софронию статус викария. 28 октября 1922г. на Новониколаевскую кафедру рукоположили видного томского живоцерковника Александра Авдентова, а епископа Софрония уволили на покой. Последний увольнения не признал и был "изолирован" ГПУ. 24 сентября 1922г. епископ Назарий вместе с епископами Софронием (Арефьевым), бывшим епископом Барнаульским Гавриилом (Воеводиным), проживавшим на покое в Томском Богородице-Алексеевском мужском монастыре в качестве настоятеля, и рукоположенным в расколе "епископом" Иоанном Завадовским в кафедральном соборе Томска хиротонисали во "епископа" Иркутского вдового новониколаевского протоиерея Николая Чижова, без пострижения его в монашество [Зв1 (Церковная хроника. В Томске. Хиротонии во епископов // Сибирская Церковь. 1922. N 2. С.13–14.)]

К весне 1923г. епископ Назарий проживал на покое в Краснодаре, поддерживая дружеские отношения с раскольниками. В апреле 1923г. вместе с обновленческими иерархами Кубани он участвовал как свидетель в показательном судебном процессе над православным епископом Ейским Евсевием (Рождественским), которого обвиняли в противодействии изъятию церковных ценностей. По утверждению православных Красноярска, в июле 1923г. епископ Назарий по-прежнему находился в Краснодаре [Зв1 (РГИА. Ф.831. Д.218.Л.40об.)]. Идентификация архиерея, проживавшего летом 1923г. в Московском ставропигиальном Симоновом монастыре, как епископа Назария Андреева — ошибочна [Зв1 (Акты Святейшего Тихона, Патриарха Московского и Всея России.../ Сост.М.Е.Губонин. М.,1994. С.288,292,293,736,738–741)]