6/19 июля 1919г. митрополитом Вениамином был определен настоятелем Князь-Владимирского собора. С сентября 1919г. являлся руководителем и наблюдателем за организацией и постановкой религиозно-нравственного просвещения детей в церквях приходов 9-го Петроградского округа. 9/22 февраля 1920г. Общим благочинническим собранием духовенства и представителей из мирян единогласно был избран благочинным 8-го (впоследствии 9-го) Петроградского благочиннического округа. Многочисленные источники свидетельствуют об усердном служении протоиерея Михаила, почитании его прихожанами и одобрении священноначалием. 4 октября 1920г., по случаю 25-летия иерейской хиротонии, "почтен был 9-м Петроградским округом и Князь-Владимирским приходом — торжественным молебствием и подниманием св. икон и многих адресов с участием Его Высокопреосвященства".
В декабре 1920г. по благословению митрополита Петроградского Вениамина при настоятельстве о.Михаила в Князь-Владимирском соборе был освящен придел в честь Всех Святых, в земле Российской просиявших, — впервые после постановления Всероссийского Церковного Собора 1917–1918гг. об установлении этого празднования во второе воскресенье после Пятидесятницы. Положение семей священнослужителей в столице тоже становилось сложным и небезопасным. По взаимному согласию матушка Антонина уехала жить к своим родственникам в деревню. О.Михаил называл себя "человеком старой школы", в своем служении он строго следовал церковным канонам, принципам церковной дисциплины, и не сочувствовал зарождающемуся обновленчеству. У него не сложились отношения с видным деятелем обновленчества священником Владимиром Красницким, служившим тогда в Князь-Владимирском соборе. В ходе кампании по "изъятию церковных ценностей" в Князь-Владимирском соборе произошли волнения. В соответствии с Декретом от 23 февраля 1922г., следуя распоряжениям Выокопреосвященного Митрополита Вениамина, настоятелем о.Михаилом Союзовым и членами Приходского Совета Князь-Владимирского собора было принято решение о мирной выдаче ценностей Комиссии по изъятию. Представители Райкомиссии по изъятию ценностей во главе с председателем Иваном Фирсовым пришли в Князь-Владимирский собор 19 апреля. Как впоследствии было отмечено в составленном комиссией акте, "со стороны настоятеля протоиерея Михаила Союзова и членов Приходского Совета было оказано всяческое содействие".
Однако произвести изъятие в этот день не удалось. У Князь-Владимирского собора собралась толпа, оказавшая сопротивление комиссии, 8 человек были задержаны, однако в ходе допросов ни один из задержанных какую-либо причастность к делу об изъятии ценностей не признал. Описывая на суде сложившуюся ситуацию, член Приходского Совета Собора Геннадий Федорович Чиркин сообщил:
    "Толпа собиралась в кучки, появилась потом толпа женщин, детей, которая
     бросалась к соборному настоятелю [о.Михаилу], у соборного старосты
     кто-то оторвал прядь волос, и когда я подходил к собору, толпа была уже
     порядочная, в соборе была кучка людей, человек около 200, которая выражала
     недовольство по отношению к настоятелю, что он отдает эти ценности.
     Настоятель был удручен всем случившимся...".
Изъятие ценностей в соборе удалось произвести только через день, 21 апреля. Все ценности, растащенные детьми накануне во время беспорядков, к этому времени были возвращены