Чин наречения произошел 30 июня 1912г. в зале заседаний Святейшего Синода. В воскресенье 1 июля 1912г. в Казанском соборе Санкт-Петербурга состоялась хиротония архимандрита Назария во епископа Алатырского, викария Симбирской епархии. Хиротонию совершил архиепископ Финляндский Сергий (Страгородский) в сослужении архиепископа Северо-Американского Платона (Рождественского), епископа Пермского Палладия (Добронравова), епископа Смоленского Феодосия (Феодосиева) и епископа Олонецкого Никанора (Надеждина) [Зв1 (Речь архимандрита Назария при наречении во епископа Алатырского, викария Симбирской епархии, 30 июня 1912г. // Прибавления к Церковным ведомостям. 1912. N 27. СС.1107–1108,1130.)]. Местом пребывания нового епископа стал Алатырский Свято-Троицкий монастырь

Несмотря на то, что и в 1917г. епископ Назарий был по-прежнему далек от политических баталий, приближение Февральской революции епископ Назарий почувствовал и по газетным сообщениям, и по рассказам солдат о настроениях на фронте, и по недовольству крестьян нерешенным земельным вопросом. В материалах дела 1929г. имеются его слова:
   "К революции я относился безучастно, считая своей прямой обязанностью
    христианизацию общества".
Весной 1917г. епископ Назарий активно выступил в защиту Церкви от обвинений либеральной печати в поддержке старой власти. 25 марта 1917г. в проповеди за литургией в Свято-Троицком монастыре он заявил:
   "Церковь всегда молилась за власть, не входя в рассуждения о том, будет ли
    эта власть монархическая, конституционная или республиканская. И теперь
    Церковь молится за власть и будет молиться о том, чтобы Господь направил
    правителей на путь добра и правды, чтобы они не носили меч без ума"

С июля по сентябрь 1917г. епископ Назарий являлся временно управляющим Симбирской епархией в связи с отъездом правящего архиерея в Пензу на следствие по своему делу, а затем отъездом последнего в Москву на Всероссийский Церковный Собор [Зв1 (Архив УФСБ РФ по Челябинской обл. Д.П-4354. Л.32.)]

26 сентября 1917г. Указом Святейшего Синода Алатырский епископ Назарий был назначен временно управляющим Енисейской (Красноярской) епархией. [Зв1 (Указ из Святейшего Правительствующего Синода Енисейской Духовной Консистории // Енисейские ЕВ. 1917. N 9. С.2.)]. 26 октября 1917г. епископ выехал из Симбирска в Красноярск. 2 ноября 1917г. епископ Назарий прибыл в Красноярск. 11 декабря 1917г. Выборным Собором Енисейской епархии, проходившим под председательством епископа Томского Анатолия (Каменского) абсолютным большинством выборщиков был избран правящим архиереем, епископом Енисейским и Красноярским

09/22 февраля 1918г. он был назначен правящим архиереем Енисейской (Красноярской) епархии. С этого времени епископ Назарий стал членом Всероссийского Поместного Церковного Собора по должности (его полномочия были признаны собором по докладу отдела личного состава 9 апреля 1918г.). [Зв1 (Священный Собор Православной Российской Церкви 1917–1918гг.: Обзор Деяний. Вторая сессия. М., 2001. С.79,349.)]. Однако в Москву епископ Назарий не выезжал и в работе Собора не участвовал [3, С.384.], [4, С.451.]. 29 октября 1917г., через четыре дня после Октябрьского переворота в Петрограде, власть в Красноярске перешла к губернскому Совету рабочих и солдатских депутатов и Красноярскому революционному комитету. Вскоре начались реквизиции церковного имущества. В ночь на 18 января 1918г. в Архиерейский дом вломился отряд красногвардейцев численностью около ста человек, который в течение почти суток "наводил порядок" в покоях епископа Назария, превратив его в пленника, ограничив свободу передвижения и телефонную связь. Владыка держался достойно и даже уговорил отпустить его в храм на литургию в честь праздника Крещения Господня, после чего вернулся под домашний арест. Тогда же красногвардейцами была занята Красноярская духовная семинария, якобы по подозрению, что на крыше здания спрятались казаки. В связи с создавшимся положением 19 января 1918г. педагогический совет постановил закрыть духовную семинарию. В те же дни группа комиссаров нагрянула в красноярский Успенский мужской монастырь, помещения которого предполагалось национализировать и отдать под нужды приюта. В марте 1918г. больше половины помещений Архиерейского дома было передано "под надобности Советов" для открытия приюта для подкидышей, а остальные сохранены за архиереем. По решению Горисполкома Красноярска было признано контрреволюционным и закрыто Братство святителя Иннокентия, а его имущество, в том числе капиталы в 40 тысяч рублей, реквизировано. И хотя открыто новая власть еще не выступала против богослужения в храмах, "Енисейские епархиальные ведомости" писали, что в некоторых селах сельские комитеты вводили запреты венчать браки, а также крестить и отпевать. Политика властей способствовала консолидации православных сил губернии. В начале февраля 1918г. в Архиерейском доме проходили совещания, на которых решалось, как относиться к происходящему, и было избрано "организационное бюро" для оперативного реагирования на инциденты. 10 марта 1918г. во Всехсвятской церкви Красноярска состоялось собрание прихожан, поддержавшее решение об образовании Братства по защите Церкви и ее достояния от захватов. 16 марта 1918г. в кафедральном соборе прошло общее собрание всех приходских советов для организации охраны храмов. 25 апреля 1918г. было созвано собрание 46 уполномоченных от приходов Енисейской епархии, на котором принято решение о создании Красноярского Союза православных приходов. После Октябрьской революции епископ Назарий публично выступил в защиту Церкви. Он обратился к верующим, как к исповедникам, а действия властей прямо назвал гонениями:
    "Попраны все заветы Христа. Идет поход против самого христианства, как будто
     бы оно не звало и не зовет всех и каждого к братству, любви, свободе,
     равенству. Христиане уже теперь гонимы, но наступают дни, когда эти гонения
     усилятся, когда принадлежность к вере будет рассматриваться как некое
     государственное преступление".
И все же владыка не оставлял надежды на обращение гонителей, участвовавших в реквизициях и поругании святынь и обращал к их душам слова увещевания:
    "Ведь все они, затуманенные облаком неверия, кровь от крови и плоть от плоти
     нашей. И неужели их не тронет вопль жен и детей, престарелых матерей и отцов,
     для которых лучше умереть, чем жить без храма, без таинств, жить в сознании,
     что их рождение сделалось исчадием ада?
     Опомнитесь, возлюбленные чадца, не губите себя для этой жизни и для жизни
     будущей. Церковь не погибнет, врата ада не одолеют ее, но вы погибнете!"
И это, и последующие обращения преосвященный Назарий рассматривал как продолжение дела евангельской проповеди. Одновременно он дистанцировался от политических выступлений и не допустил ни одного случая обострений или конфликтов с властями. Позже он так разъяснял свою позицию:
    "Мое отношение как к Октябрьской революции, так и к большевистской власти,
     с ее военной диктатурой в начале, в период экспроприации всех средств
     производства, отчуждения собственности, земли, национализации банков,
     наложений контрибуций и проч. — было безразличным. И даже при конфискации
     и национализации церковных имуществ, помещений — никаких протестов я
     не выражал, оставался спокойным, мирился с этим, как с неизбежным
     последствием всяких революций".
По данным ОГПУ:
    "Епископ Назарий в целом... занимает приспособленческую позицию, заигрывает
     с властями, уступает без боя Архиерейский дом под Революционный комитет и
     старается жить "в дружбе"". [Архив УФСБ РФ по Челябинской обл. Д.П-4354. Л.42.] После падения в июне 1918г. в Красноярске Советской власти епископ Назарий активно выступал против идеологии большевизма, находя в ней угрозу духовным основам общественного устройства России. 1 августа 1918г. на заседании Енисейского епархиального собрания архиерей заявил:
    "Большевизм со своим открытым походом против Церкви и самого христианства пал,
     но это еще далеко не говорит о том, что идеи большевизма в области веры
     навсегда исчезли из сознания общества. Социализм со своим отрицанием Бога,
     души, будущей загробной жизни, со своими только земной жизнью и земным
     счастьем никогда не может иметь мира с христианством, всегда займет
     к последнему враждебную позицию" [2 (С.134.)]. В апреле 1919г. в Пасхальном послании епископ Назарий обвинил большевиков в разрушении России, развязывании гражданской войны, небывалых в истории ужасах и зверствах, когда
   "не просто убивают, а зверски мучают: выкалывают глаза, отрезывают уши,
    забивают гвозди, зарывают живыми в могилу, топят в реках и не одних только
    врагов, пойманных с оружием в руках, а и мирных жителей".
Но еще большую опасность епископ видел в разрушении страны изнутри, вытравливании христианской веры из народной души:
   "До сих пор русский народ хранил в себе веру, — она давала ему различие
    между добром и злом, учила его жить по-Божьи, по долгу, по совести. ...
    Никто и никогда сделанного беззакония не признавал за правду...
    Теперь эта святая Русь раскрещивается. Вера и построенный на ней весь строй
    семейной, общественной и государственной жизни разрушаются...
    Именно поэтому христианские по сути начала — равенство, братство и свобода,
    положенные в основу государственного переворота, но не вытекающие
    из возрожденного христианством сердца человеческого, привели к разгулу
    вражды и злобы, а осудившая пути насилия и убийств Церковь стала мишенью
    дикой вражды новых печальников народного блага, мнящих возможность
    устроения государственной и общественной жизни на грабеже и крови"
    [Архив УФСБ РФ. Д.П-4354. Л.42.]. Таким образом, в период гражданской войны епископ Назарий обличал идеологию большевизма. В то же время епископ Назарий критиковал политику белых правительств Сибири в связи с иностранным вмешательством и вовлечением Церкви в гражданское противостояние. Епископ Назарий, по его словам, не сочувствовал и другим политическим платформам, поскольку "не видел творческой работы этих платформ". Он высказывался против иностранного вмешательства в дела России, считая его фактором разжигания гражданского противостояния. Позже Преосвященный сообщал;
   "С захватом территории Сибири чехословаками и устраиваемых в честь их
    прихода и победоносного наступления буржуазией банкетов и иных приветствий,
    несмотря на приглашения, уклонялся и принципиально был против, считая,
    что вмешательство во внутренние дела России чехословаков ничем
    не оправдывается. Мало того, я считал, что их вмешательство только отдаляло
    время спокойного устройства государственной жизни".
Негативно относился он позже и к политике Омского правительства адмирала А.В.Колчака:
   "Считал, что политика парализации революционных настроений в России
    с приглашением иностранцев, их вмешательством и военщиной только усиленно
    способствует междоусобной вражде и войне".
14 ноября — 3 декабря 1918г. епископ Назарий участвовал в работе Сибирского Соборного Церковного Совещания в г.Томске [Зв1 (Избрание членов Высшего Временного Церковного Управления // Сибирский Благовестник. 1919. N 1. С.3; Итоги Сибирского Поместного Собора // Енисейские ЕВ. 1919. N 3. С.32.)]. Подписал послание участников Совещания "Всем чадам православной Церкви епархий, освобожденных от советской власти" [Зв1 (Послание архипастырей и членов Всероссийского Церковного Собора епархий сибирских и Приуралья — всем чадам православной церкви епархий, освобожденных от советской власти // Сибирский Благовестник. 1919. N 1. С.6–7.)]. В декабре 1918г. епископ Назарий вернулся из Томска в Красноярск. Вопреки крайней политизации всех сфер общественной жизни, архиерей выступал против вовлечения Церкви в гражданскую войну и стремился продолжать основную ее миссию — проповедь учения Христа и исполнение заповеди о любви. Позже на допросе он показал:
   "Когда был взят курс Сибирского Правительства на использование религии
    в своих военных операциях, таких, как организация крестовых дружин
    "Крестовые походы", я был против этого и в своей епархии не допускал
    до этого, причем никаких крестных ходов, колокольных звонов, манифестаций
    и торжественных богослужений по поводу успехов на фронте я не допускал".
В 1919г. епископ Енисейский Назарий официально выступил против захвата заложников, как неоправданно жестокого метода борьбы армии А.В.Колчака с партизанским движением:
   "Правительство Колчака, жестоко расправляясь с партизанами и парализуя его,
    ввело институт заложников, расстреливая зачастую неповинных и непричастных
    граждан к этому движению. Я поднял вопрос о лишней жестокости — перед
    Правительством Колчака, через Высшее Церковное Управление, об упразднении
    института заложников, и в этом случае был достигнут результат отмены
    института заложников. Хотя я этого себе не приписываю.
    Это было в 1919г. и отмечено в регистратуре канцелярии епископа Красноярской
    епархии и было отмечено в газете "Красноярский рабочий" (март 1922 г.)"
   [Зв1 (Архив УФСБ РФ. Д.П-4364. Л.43.)]. Преосвященный оказывал посильную помощь нескончаемому потоку беженцев, который шел через Красноярск при отступлении белых армий. Из доклада ОГПУ:
   "Епископ Назарий энергично занимался встречей и устройством беженцев,
    Особенную заботливость проявляет к устройству реакционного духовенства,
    в своем доме [Архиерейском доме, возвращенном архиерею чехословаками летом
    1918г.] устраивает 50 семейств — 178 чел. беженцев, всем дает приют и
    материальную поддержку". [Зв1 (Архив УФСБ РФ. Д.П-4364. Л.43.)]. После поражения Белой армии и восстановления в январе 1920г. Советской власти в Красноярске преосвященный Назарий отказался от эмиграции, остался на кафедре и вновь стремился, как утверждал позднее, "найти контакт в отношениях Церкви с государственной властью".
Таким образом по окончании гражданской войны епископ Назарий стремился найти компромисс с советской властью, считая главной задачей духовенства христианизацию общества с отмежеванием от "политических авантюр"

Вскоре он убедился, что находится под пристальным внешним надзором. 17 июля 1920г. после проповеди на службе в с.Межевское, куда епископ приехал по приглашению верующих для освящения иконостаса, его препроводили в Волисполком для разбора проповеди. Не обнаружив в ней ничего контрреволюционного, отпустили. Но на следующий день (т.е. 18 июля) по отмашке из Красноярска все же арестовали и освободили лишь после беседы с прибывшим для допроса чекистом, с обязательством представить председателю Красноярской ГубЧК текст проповеди с объяснительной запиской. Архиерей разъяснял:
    "В проповеди выражена мысль, что в настоящее время отрицается христианское
     воззрение: о Боге, душе, загробной жизни, и человечество ставит целью,
     задачей исключительно материальную жизнь, забывая о духовных потребностях
     человека".
Из рапорта сотрудника ГубЧК:
    "Проповедь носила откровенно враждебный, антисоветский характер. В момент
     экспроприации средств производства и решительной схватки Красной Армии
     с Врангелем Андреев ведет пропаганду с амвона в церкви, говорит проповедь
     о галилейских рыбаках, о их неученой проповеди, победившей языческую
     премудрость; весь смысл проповеди сводится к лозунгам:
       "Не ищи, не бери чужого", в противовес лозунгу: "Грабь награбленное";
       "Не нападай на обижающих тебя", в противовес лозунгу: "Все на коня";
        о любви к ближнему и увещеванию своего врага, — в противовес лозунгу:
       "На террор ответим террором вдвое"" [Зв1 (Архив УФСБ РФ. Д.П-4364. Л.4–5.)].