Архиепископ Филипп возвратился в Астрахань 25 декабря 1943г., в день памяти святителя Спиридона Тримифунтского. В постаревшем, коротко стриженном и почти безбородом человеке, одетом в ватные арестантские штаны и старые красноармейские ботинки, Владыку трудно было узнать. Но время испытаний состарило его только внешне — духом Владыка Филипп был так же бодр и еще больше окреп в вере. Радость встречи архиепископа Филиппа и паствы была обоюдной. Владыка со слезами вошел в кафедральный Покровский собор, благодаря Господа за Его милость. Тотчас по прибытии архиепископ развернул неутомимую, кипучую деятельность по церковному устроению возвращенной ему велением Божиим епархии. Такого могучего религиозного подъема, происшедшего с приездом Владыки, Астрахань не знала с 1930г. Однако масштабы необходимых трудов и преобразований были огромны: епархиальная жизнь и дела пребывали в полном упадке — на всю Астрахань богослужения проводились в единственном Покровском соборе. Уже в первое время пребывания в Астрахани Владыке удалось выхлопотать разрешение на открытие церкви во имя святителя Иоанна Златоуста, Спасо-Преображенского храма в Трусове, храма во имя святых апостолов Петра и Павла в поселке Свободном и деревянного храма во имя свт.Николая Чудотворца на "десятке". Благодаря стараниям архиепископа была значительно расширено помещение церкви во имя Иоанна Предтечи на Старом кладбище, а также были открыты около 20 сельских приходов. Неподалеку от Астрахани лежал в руинах Сталинград. 26 июня 1944г. архиепископ Филипп был назначен и на Сталинградскую кафедру. После назначения Владыки на Астраханскую и Сталинградскую кафедру в Сталинграде открыли Казанский храм и молитвенный дом. Народ очень любил Владыку, во время приезда в Сталинград его всегда встречали, устилали ему дорогу цветами. С 8 по 18 июля 1948г. он был участником церковного торжества в Москве по случаю 500-летия автокефалии Русской Православной Церкви. 30 октября 1947г. святейший Патриарх Алексий I издал указ о возведении архиепископа Филиппа в сан митрополита. Одновременно с эти указом Патриарх Алексий I издал указ о переводе его на отвечающую высоте данного звания Одесскую кафедру. Послушание Священноначалию и церковным канонам побуждали его без промедления направиться к новому месту служения. Отеческая же любовь к астраханцам и дела, не оконченные в Астрахани, омрачали этот отъезд. Он жалел астраханцев, повторно оставляемых им. Это было его возлюбленное малое стадо, после гонений церковная жизнь здесь едва начала налаживаться. После раздумий архиепископ Филипп адресовал в Патриархию телеграмму:
       "Если бы не страх оказаться ослушником Церкви, нарушителем воли Божией,
        молил бы Святейшего Патриарха не разлучать с любимой паствой.
             Архиепископ Филипп".
В Москву же тем временем уже мчались посланники и просители, летело множество телеграмм от приходов и отдельных прихожан с мольбами не разлучать, пощадить, не отвратить милости от тяжко болеющего возможной скорой разлукой астраханского православного люда. И произошло чудо — перемена решения Священноначалия после обнаружившейся тягчайшей скорби паствы. 12 декабря 1947г. Святейший Патриарх, еще раз рассмотрев дело, и как говорят, произнеся:
     "Что же, глас народа — глас Божий" — издал новый указ — об оставлении архиерея на прежнем месте