Снова был арестован 30 мая 1922г.

По сфабрикованному большевиками "делу о сопротивлении изъятию церковных ценностей" на скамье подсудимых оказались митрополит Петроградский Вениамин и самые близкие к нему православные священники и миряне — всего 86 человек, в том числе — протоиерей Михаил Чельцов. Истинной причиной ареста и осуждения о.Михаила была его деятельность на посту председателя Епархиального Совета и близость к митрополиту Вениамину. О.Михаил не был членом Правления Петроградских Православных приходов, хотя в приговоре и числится таковым. О.Михаил был приговорен к расстрелу постановлением Петроградского Губревтрибунала Постановлением Президиума ВЦИК от 3 августа 1922г. расстрел был заменен 5-ью годами тюремного заключения. Впоследствии срок был сокращен до полутора лет

Ожидая расстрела, о.Михаил сорок дней провел в камере смертников. Он старался как можно больше молиться — служил молебны, панихиды, обедницы, заставил себя прочитать себе "отходную". Свои переживания в камере смертника прот.Михаил впоследствии выразительно описал в "Воспоминаниях "смертника" о пережитом". Эта книга является ценным историческим источником по "делу митрополита Вениамина" и всех проходивших с ним обвиняемых. О.Михаил был освобожден в декабре 1923г. По данным [11] освобожден в 1925г.