С 1928г. — иосифлянин, служил тайно. С начала 1928г. находился в молитвенном общении с митрополитом Петром (Крутицким). В Харькове о.Макария неоднократно навещали лаврские монахи, приезжавшие к нему из Киева и других мест. О.Макарий не скрывал своего отношения к Советской власти:
     "Наказание Божие в образе Советской власти будет продолжаться до того
      времени, пока народ не покается, пока не прекратятся те грехи и убийства,
      которые сейчас имеются, пока не прекратится безнравственная современная жизнь,
      пока коммунистическая партия не изменит своего отрицательного отношения к Церкви"

Арестован вместе архимандритом Евстратием (Грумковым) по делу "раскрытой на Украине к/р организации церковников, именовавшей себя "Истинно-Православной Церковью"". При обыске была изъята переписка, а также антиминс и другие богослужебные предметы

Групповое дело "Дело епископов Павла (Кратирова), Иоасафа (Попова), священника Григория Селецкого и др. Харьков, 1931г." 

Дело N Д.65744 ЦГА ОО Украины. Ф.263. Оп.4. Главными обвиняемыми по делу проходили епископы Павел (Кратиров), Иоасаф (Попов), священник Григорий Селецкий (будущий игумен Иоанн) и другие священнослужители и монашество. Всего по делу проходило 140 человек. 22 мая 1931г. Коллегией ОГПУ было составлено обвинительное заключение. Из обвинения:
     "Принадлежал к к/р монархической организации "ИПЦ". Состоял членом
      Харьковской к/р группы Харьковского филиала "ИПЦ". Обрабатывал
      верующих в а/с направлении".
Виновным себя не признал. Первоначально осужден по стт.54–10 и 54–11 УК УССР на 5 лет ссылки в Казахстан. Но 2 января 1932г. ОСО при Коллегии ОГПУ вынесло новый приговор: 5 лет концлагерей.

Более года отбывал наказание в Сиблаге. По постановлению Коллегии ОГПУ от 22.04.1933г. из лагеря освобожден досрочно с "лишением права проживания в 12 населенных пунктах страны, Уральской области и местности, из которой был выслан, с прикреплением на оставшийся срок к Сиблагу"

Освобожден из ссылки в 1936г.