Родился в семье диакона Иоанно-Богословской церкви с.Поповка (Янгосарь) Вологодского уезда Александра Афиногеновича Крупнова (17.1838–1898) и его жены Анны Ликарионовны (1843 — после 1930), дочери пономаря Ликариона Межакова. Кроме Василия, в семье были дети: Дмитрий (05.02.1867–29.03.1934, впоследствии священник, арестовывался), Павел (25.08.1877–09.10.1937, впоследствии священник, расстрелян), Александра (1864г.р., в замужестве Волокитина), Юлия (1870г.р.), Аполлинария (1875г.р.), Мария (1880г.р.)