Был арестован в 1930-е годы. По данным от родственников [1], узнав об аресте мужа, жена о.Иоанна, Ольга Павловна бежала от репрессий, притом смогла поменять в фамилии несколько букв и стала Смирницкой. (По данным [Зв2], разночтения в написании фамилии священника могли быть связаны с правилами правописания, принятыми в то время или с ошибками в документах). Через несколько лет пришла весть о гибели мужа в заключении