Арестован в ночь с 16 на 17 марта Житомирским оперативным сектором ГПУ УССР в составе группы членов Свято-Николаевского Братства: протоиереем Юлианом Павловичем Красицким, протоиереем Александром Васильевичем Гаврилюком, священником Ильей Александровичем Николаевым, а также мирянами-братчиками Фроловым Петром, Авхуковой Неонилой, Каррик Софией, монахиней Хионией (Ящинской) и проходил с ними по одному делу. При аресте с груди батюшки работники ГПУ сняли нательный золотой крестик, с замечанием: "Когда будете идти обратно, то возвратим", но в протокол изъятых вещей он не вошел. Дома у о.Иоанна осталась больная супруга