29 апреля 1925г. о.Сергий был арестован и заключен в Бутырскую тюрьму. Его обвинили в том, что он якобы говорил, что Советская власть преследует религию и церковников. О.Сергий не отрицал обвинения, но заявил, что злостно об этом никогда не говорил, надеясь, что у Советской власти вернется доверие к священнослужителям. Матушка Елизавета, узнав, в чем обвиняют о.Сергия, начала хлопотать о его освобождении, и при помощи ее усилий 2 июня 1925 г. Коллегия ОГПУ приняла решение о его освобождении. Во время заключения о.Сергия обитель была закрыта, а ее сестры арестованы