15 сентября 1922г. о.Алексей был вызван для допроса в ГПУ. Из протокола допроса:
   "— Ваше отношение к советской власти?
    — Вполне признаю и подчиняюсь и исполняю все ее постановления и распоряжения,
    — Каковы ваши взгляды на обновленческое движение, и в частности на ВЦУ?
    — Вообще обновленческое движение считаю в церковной жизни необходимым,
    — Каким путем вы предполагаете провести обновленческое движение?
    — Созывом Собора, а до созыва такового, я ВЦУ не признаю и считаю таковое
      самозванным...
    — Что вы можете показать о сборе денег для архиепископа Серафима и епископа
      Петра?
    — Сборы происходили, деньги по церквям собирались и передавались сначала
      непосредственно игумении Калерии в сумме 8 миллионов рублей.
    — Известна ли вам цель вызова епископом Петром викарных епископов в Тверь?
    — Для богослужения и ввиду важного момента церковной жизни. Может быть,
      о чем-либо поговорить".
В тех же числах по этому же делу были допрошены епископ Петр (Зверев), священник Владимирской церкви и член епархиального совета Василий Куприянов, казначей Новоторжского Борисоглебского монастыря иеромонах Вениамин (Троицкий) и миряне — директор училища слепых и член епархиального совета Алексей Соколов и секретарь епископа Александр Преображенский. В ночь на 24 ноября 1922г. все они были арестованы и отправлены в Бутырскую тюрьму. О.Алексий был арестован за распространение воззвания епископа Петра (Зверева), призывавшего противостоять обновленчеству