В 1923г. он был тайно хиротонисан во епископа Сергиевского архиепископом Феодором (Поздеевским), епископами Арсением (Жадановским) и Серафимом (Звездинским) [6],[7],[9]

В 1922–1927гг. он написал свое основное сочинение — "Письма к друзьям", посвященные актуальным вопросам церковной жизни. В нем он резко критиковал обновленческое движение, рассуждал о причинах гонений на Церковь в России, рассматривался вопрос о конечных судьбах Церкви и мира, значительное внимание уделялось эсхатологическим рассуждениям, анализировал различия между православием, католицизмом и протестантизмом, отдавая безусловное предпочтение первому. Принадлежал к традиции мистического богословия. (В 1970–1980-е годы отдельные "Письма к друзьям", ранее распрострнявшиеся в самиздате, были опубликованы в зарубежном "Вестнике РХД" и в нелегально издававшемся альманахе "Надежда" (1984))

До ареста в 1929г. Новоселов жил в Москве и под Москвой на нелегальном положении у разных друзей, не сняв бороды, хотя она и выдавала его. Часто он находил приют у одной самоотверженной женщины, Клавдии Владимировны Назаровой. Иногда жил в квартире В.Д.Пришвиной (Валерии Лиорко) и ее матери. Летом 1925г. жил под Москвой на ст.Пески на высоком берегу Москвы-реки в заброшенном доме своих друзей. Летом 1927г. жил у друзей на ст.Лобня под Москвой. Тем летом у него были сердечные приступы. Иногда он уезжал в другие города, где у него были единомышленники. Из воспоминаний В.Д.Пришвиной [5]: "Сейчас такое время, — сказал мне однажды Михаил Александрович, — когда праведность человека перед Богом определяется не столько его личным поведением, грехами или добродетелью, сколько его твердостью в вере — в верности церковному сознанию, решимостью стоять в этой верности до смерти и мученичества".
М.А.Новоселов не признавал "Декларацию" митрополита Сергия (Страгородского). Однако он был против возможного раскола Церкви по этому вопросу. Из воспоминаний В.Д.Пришвиной [5](1929г.): "Вокруг шли аресты священников и мирян, не признававших митрополита Сергия. Михаил Александрович приходил к нам усталый, грустный. Люди, дававшие ему кров, начинали его побаиваться... Вокруг исчезали все лучшие... Я спросила Михаила Александровича: "Как нам быть, если не останется священников старого посвящения?" — "Не надо создавать новый раскол, — ответил Михаил Александрович. — У нас единая Церковь, внутри которой ведется борьба. Если никого не останется — идите с ними, только не забывайте крови мучеников и пронесите свидетельство до будущего Церковного Собора, который нас рассудит, если только не кончится история и не рассудит уже Сам Господь".
После Декларации 1927г. он стал видным деятелем "иосифлянского" движения. Вместе с протоиереем Федором Андреевым он составил обращение к Заместителю Патриаршего местоблюстителя митрополиту Сергию (Страгородскому) с предложением изменить церковно-политический курс

23 марта 1929г. был арестован на московской улице

Из обвинения:
    "Руководитель антисоветских церковников, ведущий их к переходу
     на нелегальное положение, распространяющий своеобразные циркуляры
     идеологического антисоветского характера с призывом к "мученичеству"". 23 мая 1929г. был приговорен к трем годам лишения свободы, По другим данным, дата приговора — 23 мая 1929г.

Отбывал наказание сначала в Суздальском политизоляторе, затем переведен в Ярославский политизолятор

Как особо опасный "элемент", находился не в лагере, а в тюрьме (политизоляторе) в одиночном заключении. В 1930г. был перевезен в Москву

В Москве находился в заключении в Бутырской тюрьме Был привлечен по делу "Всесоюзного Центра "Истинное Православие""