В период следствия содержался в Бутырской тюрьме. 5 декабря 1930г. о.Илья был этапом отправлен в лагерь. В этот день прихожане видели его последний раз

Из лагеря он писал родным о своей жизни: "Сплю на верхних нарах. В моем распоряжении 2,5 аршин длины и 3,5 аршин ширины. Тут и все мое имущество, которое частью висит и лежит над головой. Работаю по пять дней. Шестой день — выходной. Работаю по 8–9 часов в день. Одну пятидневку с 8 часов утра до 4 часов дня, другую с 4 часов дня до 12 часов ночи, третью — с 12 часов ночи до 8 часов утра. Раньше работал землекопом (9 дней), чернорабочим на стройке (9 дней), теперь рабочим на лесопильном заводе при ящичной мастерской... Моя работа — выгребать опилки из-под машин, выносить вон отрезки досок... Работа не тяжелая, но очень утомительная, потому что продолжается без малейшего перерыва, все время на ногах, в движении и напряжении, и много приходится нагибаться к полу, что вызывает во мне пот и одышку. Я очень похудел, говорят — осунулся, но привык к физическому труду, и мне теперь стало легче, чем было сначала. Ко мне в мастерской и в роте относятся хорошо, с уважением, даже с приязнью. Спасибо добрым людям!". Работа была настолько утомительная, что однажды о.Илья в изнеможении упал на опилки и уже не смог сам подняться. Его отправили в больницу, где он пробыл две недели, потом сразу в командировку в Буланово, за 54 км. Весь путь заключенным пришлось сделать за одни сутки. Под конец пути о.Илья падал в снег через каждые 5 шагов, других тащили под руки конвоиры. В Буланово о.Илья сначала вместе со всеми валил лес, затем ему дали канцелярскую работу. После этой командировки он снова оказался на общих работах. Однажды ночью, после совершенно непосильной работы, он в глубокой тоске возопил ко Господу: "Господи, Пресвятая Богородица, святитель Николай, я всегда вам молился, и вы мне помогали, а теперь вы видите, что я совсем изнемог, что я готов умереть на этой непосильной работе, и вы меня забыли... Или мне больше уж вас не просить ни о чем?" и горько заплакал. Но к утру вдруг душа снова замолилась, смягчилось сердце, и снова явилась преданность и вера в Промысел Божий. И произошло чудо. Утром на перекличке батюшку потребовали для написания отчета о работе в Буланово, и он был избавлен от непосильного труда. Затем о.Илья работал помощником делопроизводителя в больнице Вишерского химического завода, а также выполнял обязанности санитара, регистратора и т.д. Эта работа была тоже очень тяжелая: с 9 часов утра до 9 вечера, и позже. Все — и начальство, и сестры, и санитары, — ценили о.Илью и любили его. Духовником о.Ильи на Вишере был архимандрит Донского монастыря о.Архипп. Когда к нему приезжала на свидание жена, он сказал ей на прощание: "Ты в своих письмах часто занимаешься совершенно бесполезным занятием: считаешь дни, сколько прошло со дня нашей разлуки и сколько еще осталось до дня моего возвращения домой. Я этого не жду... Мне, вероятно, дадут еще три года. Здесь я прохожу вторую Духовную Академию, без которой меня не пустили бы в Царство Небесное. Каждый день я жду смерти и готовлюсь к ней". Лагерные условия так отражались и преломлялись в его душе, что в результате он всегда чувствовал на себе милость и любовь Божию, дивный Его Промысел, и потому делался ближе к Богу и любил Его все больше и больше. По словам Евгении Леонидовны, он чувствовал себя в лагере подобно живущему в монастыре: "Ведь тут как раз упражняешься в тех добродетелях, которые требуются от монаха: полное отречение от своей воли, нестяжание и целомудрие".
В августе 1932г. о.Илья был вновь переведен на общие работы