Был заключен в Бутырскую тюрьму, где пробыл 3 месяца. В тюрьме он познакомился с епископом Лукой (Войно-Ясенецким). В 1924г. власти предложили о.Илье оставить храм или уйти с работы. Он пришел домой расстроенный, но жена сказала ему: "Слава Богу, Илюша! Наконец ты не будешь раздваиваться, а станешь настоящим батюшкой!" С этого времени они стали "лишенцами", не имеющими никаких гражданских прав. У них в доме отобрали часть комнат, а оставшиеся две обложили огромным налогом. Но на помощь пришли прихожане, которые стремились всячески облегчить жизнь семьи священника. В Толмачевском храме службы были ежедневно — утром и вечером. Всенощная затягивалась до 9 часов, а после батюшка нередко толковал Священное Писание, разъяснял богослужение или читал творения святых отцов. На Пасху 1924г. о.Илье сообщили, что храм будет закрыт. О.Илья и приходской совет сделали все от них зависящее, чтобы отстоять его: подавали заявления в Моссовет, другие инстанции. Однако, 24.06.1924 Толмачевский храм все же был закрыт О.Илья после этого неделю лежал с сердечным приступом. Принимающие церковное имущество люди опустошили внутренность храма, сняли не только кресты, но и купола, все было разобрано и разбито. После этого батюшка перешел служить в храм свт.Григория Неокесарийского