Через несколько дней он был пострижен в мантию и возведен в сан епископа и архиепископа. 17 апреля 1942г. указом Патриаршего Местоблюстителя митрополита Московского Сергия (Страгородского) прот.Сергию определено быть после принятия монашества епископом Можайским, викарием Московского митрополита (с пребыванием в то время в г.Ульяновске, где в эвакуации находился Патриарший Местоблюститель). 29 мая 1942г. в Казанском соборе Ульяновска митрополит Сергий совершил постриг прот.Сергия в монашество с наречением имени в честь св.ап.Варфоломея. Относительно наречения его при постриге Варфоломеем сохранилось следующее предание. О.Сергий просил не менять ему имени, и Патриарший местоблюститель эту просьбу в определенном смысле удовлетворил, ибо, как известно, св.прп.Сергий Радонежский в миру звался Варфоломеем

31 мая 1942г. состоялась архиерейская хиротония иеромонаха Варфоломея