В Богучаре служил в местной церкви. К этому времени он уже овдовел. В Богучаре находился до конца 1933г., когда получил право на свободное проживание в СССР

В начале февраля 1935г. получил место священника в д.Воловниково Клинского р. Московской обл. В декабре 1940г. протоиерею Сергию был выдан паспорт, по которому ему запрещалось проживание в большинстве крупных городов СССР и в стокилометровых зонах вокруг них. Началась Великая Отечественная война. Впоследствии, в марте 1942г. о.Сергий писал митрополиту Сергию (Страгородскому):
   "Моя Воловниковская церковь разбита и сгорела почти до основания.
    Немцы предварительно ее грабили, а потом устроили из нее склад боевых
    припасов и около нее расстреливали пленных красноармейцев. Дом, в котором
    я жил, сгорел. Сгорели все мои книги, заметки, записки, мое маленькое
    имущество немцы украли"