Находился в заключении на Соловках в Кемском отделении на Поповом острове ("Кемьперпункт"). Затем был направлен на Большой Соловецкий Остров в 13-ю карантинную роту, размещавшуюся в Спасо-Преображенском соборе, переоборудованном под барак. Роту сторожей формировали в основном из духовенства (сторожем назначили и протоиерея Сергия), что давало относительную свободу для духовных бесед и проповедей — на чердаках, в котельных. Иногда служили в кладбищенской церкви святого Онуфрия, единственном храме, оставленном верующим (разрушен в 1929г.). В 1925г. владыка Иларион (Троицкий) добился разрешения провести пасхальную службу не только для духовенства, но и для всех заключенных. Церковь едва вместила всех желающих исповедоваться и причаститься. О.Сергий участвовал в этом богослужении. В 1925г., во время пребывания на Соловках о.Сергий составил Акафист в честь свт.Филиппа, Митрополита Московского, текст акафиста был зачитан многим священнослужителям и одобрен епископами, находившимися в заключении в Соловецком лагере. По отбытии срока протоиерей Сергий был лишен права проживания в 6 пунктах СССР. 7 октября 1926г. выслан в Сибирь, в Остяцкий сельсовет (деревни Ургуль и Львовка)