В последние годы служения в Тифлисе прот.Сергий являлся настоятелем церкви во имя блгв.кн.Михаила Тверского, построенной его попечением. Он был награжден орденами св. Анны 3-й степени и св. Владимира 4-й и 3-й степени В 1918г. в Тифлисе не было архиерея, находящегося в юрисдикции Патриарха Тихона, т.к. после перемещения на другую кафедру митрополита Платона (Рождественского) назначенный Экзархом Кавказского Экзархата митрополит Кирилл (Смирнов) из-за сложной политической обстановки в город прибыть не смог и находился в Баку. 26 мая 1918г. Национальным сеймом была провозглашена независимость Грузии. К власти пришло коалиционное правительство во главе с социал-демократом (меньшевиком) Жордания, в которое вошли социал-демократы, социалисты-федератисты, национал-демократы и эсеры. Они не питали никакой симпатии к Русской Церкви, считая ее оплотом свергнутой монархии. Грузинская Православная Церковь, избрав Католикоса-Патриарха, упразднив Экзархат и, провозгласив автокефальность, отделилась от РПЦ. Русская паства в Грузии оказалась фактически незащищенной в чужой стране. Центральным местом собраний русской паствы и духовенства стал русский собор во имя Александра Невского в Тифлисе, что послужило поводом военному министру Грузии запретить служение русскому духовенству. Храм был передан грузинскому духовенству, употребление церковно-славянского языка за богослужением запрещено. Численность русского духовенства и паствы значительно сократилась, многие приходы были упразднены, церковное имущество действующих церквей и монастырей было расхищено, участились случаи разбойничьих нападений на церкви и духовенство. О.Сергий, как русский протоиерей, о котором сложилось устойчивое мнение, что он принадлежал в дореволюционное время к право-монархическим кругам, не имел возможности служить в независимой Грузии. Он очень тяжело переживал разрыв между Русской и Грузинской Православными Церквами — Летом 1918г. о.Сергий покинул Тифлис. Впоследствии Владыка Варфоломей писал в своем дневнике:
    "Больше я там не был, но у меня в душе навсегда остались добрые
     воспоминания о грузинском духовенстве, о его православии, о его
     хлебосольстве и простоте во взаимных отношениях".
О том же говорится впоследствии в его послании Католикосу-Патриарху всея Грузии Каллистрату, которого владыка знал еще простым иереем:
    "Прослуживши 26 лет в звании священника в Тифлисе, я духовно сроднился
     с грузинским — искони православным — народом; благоговею перед памятью
     святой девы просветительницы Грузии равноапостольной Нины, глубоко чту
     святых Сирийских отцов, давших церковный строй всей христианской Грузии.
     Часто вспоминаю церковных работников, моих сослуживцев"