1 января 1893г. назначен заведующим Второй миссионерской (Казанской) церковью с оставлением в штате Александро-Невской церкви

Усилиями о.Сергия Городцова при миссионерской церкви была создана библиотека, построен зал для церкви и духовных концертов. 19 июня 1893г. вместо деревянной барачной миссионерской церкви был заложен каменный храм в честь Казанской иконы Божией Матери, строительство которого было закончено в сентябре 1894г. "Духовный вестник Грузинского Экзархата" отмечал, что "по числу прихожан Казанская миссионерская церковь может быть названа одной из первых в Тифлисе"