8 августа 1922г. был переведен во Владимирскую тюрьму

Во Владимирской тюрьме провел полгода. Знакомые о.Сергия (А.В.Щусев и др.) хлопотали о его освобождении перед Луначарским. Тот согласился помочь лишь в том случае, если о.Сергий заявит о снятии с себя сана. После 1922г. о.Сергий в церкви не служил, но, по свидетельствам близко знавших его людей, сана не снимал

В ссылку в Челябинск о.Сергия сопровождала Комиссарова Ирина Алексеевна по благословению о.Алексия Мечева. В Челябинске с 15 января 1923г. по 30 ноября 1924г. он состоял на службе в Челябинском музее местного края в должности ученого археолога и этнографа, заведовал археологическим и этнографическим отделами музея. В ссылке о.Сергий тяжело заболел. Ирина Алексеевна выходила его. 26 сентября 1924г. постановлением Особого Совещания при Коллегии ОГПУ о.Сергий был досрочно освобожден