Архиепископ Киприан обвинялся в "руководстве контрреволюционной группой церковников сергиевской ориентации", а также в "связи с японской разведкой через ее резидента — бывшего Вятского епископа Евгения (Зернова)".
Первоначально архиепископ Киприан отрицал обвинения в шпионаже и контрреволюционных действиях. На вопрос об отношении к Советской власти ответил, что "к советской власти относится лояльно, но хотел бы, чтобы она "дала больше свободы в церковной жизни". Также на допросе он заявил, что "недоволен действиями местной власти, которые "допускают перегибы в отношении Церкви". Однако на допросе 22 сентября 1937г. он признал, что "еще в 1918г. был завербован японской разведкой и в последующем состоял членом контрреволюционной монархической организации, связанной с руководством РЦПЗ".
На допросе 24 сентября архиепископ Киприан заявил о существовании в СССР "контрреволюционной организации, в которую входило все высшее духовенство Московской Патриархии во главе с митрополитом Сергием (Страгородским)".
Признал себя "руководителем группировки церковников сергиевской ориентации" в Кировской обл., но конкретных "фактов" своей шпионской и противогосударственной деятельности не назвал. 9 декабря 1937г. Особой тройкой при УНКВД СССР Кировской обл. он был приговорен к расстрелу