15 сентября 1927г. архиепископ Киприан был назначен архиепископом Нижнеудинским, временно управляющим Иркутской епархией. В ноябре 1927г. архиепископ Киприан вступил в фактическое управление епархией. В Иркутске он столкнулся с сопротивлением группы духовенства, возглавляемой протоиереем Николаем Пономаревым, желавшими назначения в Иркутскую епархию епископа Евсевия (Рождественского). После того, как Пономарев и его сторонники, даже получив разъяснения от Временного Священного Синода, отказались признать архиепископа Киприана своим законным архиереем, 1 марта 1928г. архиепископ Киприан был вынужден объявить о разрыве канонических и административных отношений с Николо-Иннокентьевским приходом (до 1929г.). Во многом благодаря проповедям архиепископа Киприана, в Иркутске удалось избежать церковного разделения в связи с выходом в 1927г. известной "Декларации" митрополита Сергия (Страгородского). Архиепископ Киприан уделял много внимания поддержанию дисциплины среди духовенства. Он активно занимался оказанием помощи ссыльным священникам и их семьям. Для организации противодействия обновленцам он дал указание размножить и распространить среди иркутского духовенства свою работу "Обновленчество". Он выпустил ряд посланий с разъяснениями для духовенства об обновлении святых икон, о богослужебной уставности, о церковном чтении. В начале 1928г. епископ Киприан закончил начатую еще во Владивостоке статью "Церковь и государство". Рукопись была послана в Москву митрополиту Сергию, который дал на нее положительный отзыв, однако посоветовал не распространять работу "из-за могущего быть превратного толкования" со стороны властей. В декабре 1928г. в Иркутске были арестованы несколько священников, членов временного епархиального церковного совета. При обысках у них были изъяты тексты посланий и статей архиепископа Киприана. Архиепископ был вызван в ГПУ и предупрежден о привлечении к ответственности "за нелегальное распространение антисоветской литературы"