26 января 1913г., после учреждения в Омской епархии второго викариатства (Акмолинского), епископ Киприан получил статус первого викария Омской епархии. При епископе Киприане был построен и освящен Иоанно-Предтеченский храм в казачьей слободе, ставший шестым приходским храмом в Семипалатинске. Возникшая в местности Святой Ключ женская монашеская община решением Святейшего Синода была преобразована в Знаменский женский монастырь, при котором действовал сиротский приют. Епископ Киприан также продолжал исполнять обязанности начальника Киргизской миссии. В 1912–1916гг. его помощником в управлении миссией был иеромонах Мануил (Лемешевский), впоследствии митрополит. После Февральской революции 1917г. епископ Киприан неоднократно обращался в Семипалатинский областной комиссариат Временного правительства, ратуя за продолжение деятельности Киргизской миссии. В миссионерских приходах состоялись собрания представителей как русских прихожан, так и новокрещеных казахов, которые приняли постановления о необходимости сохранения миссионерских станов. Однако после Октябрьской революции 1917г. деятельность миссии была прекращена. Во время гражданской войны епископ Киприан переехал в Омск, где был помощником архиепископа Сильвестра (Ольшевского), главы Высшего временного церковного управления Сибири. Затем епископ Киприан вернулся в Семипалатинск. Весной 1922г. во время кампании по "изъятию церковных ценностей" епископ Киприан выступил с обращением, в котором призывал паству к миру и спокойствию. Это помогло избежать насильственных действий и не дало властям повода для массовых репрессий против верующих