Архимандрит Киприан возглавил миссию в сложный период ее истории: после выхода 17 апреля 1905г. Манифеста "Об укреплении начал веротерпимости" произошло массовое отпадение новокрещеных казахов от православия. Несмотря на трудные условия, архимандрит Киприан принимал меры к активизации работы миссии. Была преодолена тенденция к сокращению числа станов, два из них были перенесены на новые места; удалось восстановить ранее упраздненный Шульбинский стан. При миссии было образовано братство для организации содействия со стороны русского населения и сбора денежных средств