В 1907г. поступил в Казанскую Духовную Академию. В период обучения в Академии получал стипендию. Одновременно с учебой служил священником. Окончил Духовную Академию в 1911г. со степенью кандидата богословия с правом преподавания в Духовной Семинарии. Кандидатское сочинение — о православной миссии среди астраханских калмыков

Учась в Академии, принял монашеский постриг с именем Назарий. Назначен на должность настоятеля Алатырского Свято-Троицкого монастыря с возведением в сан архимандрита

Определением Святейшего Синода от 7–27 июня 1911г. за номером 4748 иеромонах Назарий был назначен на должность настоятеля Алатырского Свято-Троицкого монастыря с возведением в сан архимандрита [Зв1 (Определения Святейшего Синода // Церковные ведомости. 1911. N 28. С.251.)]

5 июня 1912г. состоялось Высочайшее повеление об учреждении в Симбирской епархии Алатырской викарной кафедры и о бытии ее первым епископом архимандриту Назарию, с тем, чтобы наречение и хиротония его были произведены в Санкт-Петербурге [Зв1 (Определения Святейшего Синода // Церковные ведомости. 1912. N 25. С.257.)]