В 1932г. принес покаяние перед митрополитом Сергием (Страгородским) и, как ставленник архиереев старого поставления, принят в сущем сане. Брат владыки, Тихон за следующие 5 лет сменил три кафедры и с 1937г. его судьба неизвестна. В это время в Старооскольской епархии было двоевластие: с православными боролись обновленцы, отбирая храмы. Так, к 1935г. православная епархия лишилась последнего храма (Казанско-Николаевского), и владыке Митрофану приходилось довольствоваться службой в слободских храмах. Особенно теплые отношения у него были со священством Ямской и Стрелецкой слобод. Надежным помощником владыки в Старом Осколе был протоиерей Василий Михайлович Иванов, благочинный округа. 14 сентября 1937г. Местоблюститель Митрополит Сергий переместил владыку Митрофана в Полтаву, где до этого служил его брат, Тихон

Перед арестом служил в Макаровской церкви г.Полтавы