Вскоре обновленчество проявило себя во всей красе. Многие архиереи и священники оказавшиеся в стане обновленцев из благих побуждений, распознали гибельную суть этого явления. Отец Митрофан из сторонника обновленческого раскола превратился в неутомимого борца с ним. Он везде и всюду рассказывал о том, что обновленческое духовенство не столько служит Богу, сколько обслуживает большевиков. В 1924г. О.Митрофан принес покаяние Святейшему Патриарху Тихону и по его благословению был рукоположен в сан архиерея