9 мая 1899г. был возведен в сан протоиерея, а 1 июня 1899г. назначен настоятелем Петропавловского придворного собора

О.Иоанн регулярно наблюдал за сооружением великокняжеской усыпальницы при соборе (1897–1908гг.), 21 октября 1906г. освятил в ней придел во имя св.Александра Невского. В 1901г. создал журнал Общества "Православно-русское слово", 5 декабря 1901г. — назначен его редактором совместно со священником Павлом Лахостским и А.Н.Надеждиным. С 1908г. о.Александр — почетный член Общества распространения религиозно-нравственного просвещения. Заведовал редакцией "Санкт-Петербургского духовного вестника". Трудился в Христо-Рождественском Александро-Иосифовском Братстве на Песках, в Обществе вспоможения студентам Духовной Академии и учащимся 3-й гимназии. Преподавал Закон Божий в гимназии М.Н.Стоюниной, на женских педагогических курсах и прогимназии при них. Природными чертами батюшки Александра Дернова являлись смирение, любовь к людям и щедрая благотворительность. Он жертвовал немало личных средств, а от духовных чад постоянно передавались пожертвования храмам, библиотекам, учебным заведениям, православным обществам и братствам трезвости. Получая материальную поддержку, люди спрашивали: "За кого молиться Господу?" "Благотворители пожелали остаться неизвестными", — неизменно отвечал о.Александр, смиренно скрывая и свою, и своих духовных чад тайную благотворительность. "Как же благодарить их?" "Кто добро творит, тому Бог отплатит", — отвечал он. Батюшка постоянно проводил от Общества распространения религиозно-нравственного просвещения в храмах общества внебогослужебные беседы о трезвости: в Иоанно-Предтеченском на Нюстадтской улице, Воскресения Христова у Варшавского вокзала, в Троицком соборе на Стремянной. Он материально помогал бывшим пьяницам, встающим на путь православной трезвости. Во всех храмах трезвенники неизменно удивлялись тому, что сила слов о.Александра Дернова на удивление схожа с горячими проповедями знаменитого кронштадтского протоиерея Иоанна Сергиева (о.Иоанна Кронштадтского). После кончины о.Иоанна Кронштадтского его горячие почитатели создали "Общество в память отца Иоанна Кронштадтского", утвержденное гражданскою властью 17 марта 1909г., и председателем нового православного Общества стал протоиерей Александр Дернов