1 декабря 1929г. из ПП ОГПУ по Сибкраю последовало распоряжение снова арестовать епископа Василия. 9 декабря 1929г. он был арестован. При обыске квартиры епископа в д.Пьяново были обнаружены: 640 листов личной переписки Владыки и его собственноручных записей, 25 листов машинописных церковных директив, а также 7 листов рукописей-копий, "подозрительные" фотографии, письма, блокноты с адресами многих священнослужителей и мирян. Затем, под спецконвоем, епископа Василия отправили в распоряжение Иркутского отдела ОГПУ

Работа Иркутского ОГПУ проводилась на основании секретной телеграммы из Москвы. Все шло по накатанной схеме: допросы — и обвинения. В начале января 1930г. епископ Василий был отправлен в Москву и заключен во Внутреннюю тюрьму ОГПУ. 3 февраля 1930г. приговорен ОСО при Коллегии ОГПУ по обвинению в "контрреволюционной деятельности" к расстрелу