Согласно постановлению ОСО при Коллегии ОГПУ от 24 сентября 1926г., епископ Василий был приговорен к заключению в концлагерь сроком на три года. Его "Дело" сопровождалось припиской:
   "... Содержать на уголовном режиме и числить за СО ОГПУ"

Наказание епископ Василий отбывал в Соловецком лагере. В 1927г. в письме к митрополиту Сергию (Страгородскому) епископ Василий выразил свое несогласие с его июльской Декларацией 1927г. Составил послание соловецких епископов и записку "Необходимые канонические поправки к Посланию Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия и Временного при нем Патриаршего Священного Синода от 16/29 июля 1927г.".
22 октября 1928 года епископ Василий был досрочно освобожден и "выслан из соловецкого концлагеря в порядке разгрузки" с поселением на 3 года в Сибири. В сопроводительном листе "заключенного ЗЕЛЕНЦОВА", адресованном ПП ОГПУ Сибири, указывалось:
    "Таковой будет направлен в Ваше распоряжение 5-й или 3-й УСЛОН ОГПУ"

В январе следующего года архиерей прибыл в Братский район Тулунского (позже — Иркутского) округа. Первоначально он квартировался у крестьян в деревне Анзер

Затем отбывал ссылку в с.Пьяново. Некоторое время Владыка, измученный этапом, отдыхал. Затем с новыми силами принялся за богословские труды, стремясь не отдаляться от жизни Церкви. Информативно изолированному епископу помогали верные православные (в основном — из Полтавщины). Весь период его заключения и ссылки они старались не оставлять своего любимого архипастыря и заботились о нем как могли: передавали продукты и деньги, церковные материалы, забирали рукописи. Наиболее деятельной в этом плане была Анна Николаевна Богаевская — послушница Козельщинского монастыря. Она была отправлена в ссылку в 1929г. вместе с письмоводительницей обители монахиней Феофанией (Зоновой), позже монастырской игуменьей. В письмах Владыка общался также с полтавчанами: монахиней Варварой (Лавровой), Клавдией Петровной Пискуновской, Варварой Ивановной Сичиокно (позже — монахиней Олимпиадой). Он поддерживал отношения и с некоторыми ссыльными архиереями и священнослужителями. Однако старался делать это аккуратно, дабы не навлечь на людей беду, — и потому на дальнейших допросах категорически отказывался подтверждать эту связь. В апреле 1928г. Владыка Василий написал обширный материал (более ста страниц) "В чем состоит верность Христу в церковной жизни", содержание которого было аналогично посланию, адресованному из Соловков Митрополиту Сергию (Страгородскому). Эту работу Владыка послал А.Н.Богаевской. Позже, на допросе, Владыка так описал то, чем занимался в Сибири:
  "За время пребывания в ссылке в Братском районе я начал ряд богословских
   работ на тему: перевод Литургии на русский язык с богословскими примечаниями,
   Библейские пояснения к книге Апокалипсиса и ряд заметок по разным библейским
   заметкам, каноническое положение не православных христиан и, наконец,
   обращение к Митрополиту Сергию, в котором указываю, что тот не сохранил
   чистоту православных принципов и идей в своей декларации... "