После ареста о.Василий был заключен в Полтавскую тюрьму, находившуюся в здании бывшего Крестьянского банка и был сначала помещен в общую камеру. Там он начал проповедовать, а приносимые прихожанами, несмотря на угрозы, передачи он раздавал другим заключенным. Среди заключенных, особенно среди уголовников, он пользовался любовью и уважением. Называли они его — "наш отец Василий", или "наш батюшка", "наш отец", не позволяли ему выполнять наряды — чистить помещение, выносить "парашу", не сквернословили при нем и т.д., защищали от грубости тюремщиков и всяких негодяев. Убоявшись "идейного разложения" последних, тюремное начальство перевело "особо опасного" арестанта в одиночный изолятор. Потом они решили удалить заключенного Зеленцова подальше от заботливых полтавчан — перевели в харьковские Холодногорские застенки

В 1925г. срок заключения был сокращен по амнистии и о.Василий был освобожден 12 июня 1925г. После освобождения он забрал с собой в Полтаву ребенка — сына умершей женщины-нищенки, просившей милостыню у стен тюрьмы, и далее воспитывал его вместе с четырьмя детьми-сиротами своего брата