Официально 23.02/08.03.1937г. был назначен архиепископом Омским, но фактически епархией не управлял, был вскоре снова арестован

За полгода до начала войны Владыке разрешили переехать на поселение в г.Борисоглебск Ярославской (Московской) о., где жили его сестры

Некоторое время находясь за штатом, он работал на должности лесного сторожа. В ноябре 1943г. вышел указ о назначении его архиепископом Иркутским, Вскоре после этого, в декабре 1943г., когда архиепископ еще не успел приступить к новому служению, из Астрахани в Московскую Патриархию прибыла делегация с прошением о возвращении архиепископа Филиппа на Астраханскую кафедру. Однако митрополит Сергий (Страгородский) сообщил им, что Владыка Филипп уже назначен в Иркутск, добавив при этом, что Господь Астрахань не оставит и чтобы астраханцы усердно молились. В Москве астраханцам удалось повидаться с Владыкой Филиппом, который уже готовился отъезжать по новому месту назначения. Все вместе скорбели о невозможности быть вместе. И тут неожиданно пришло радостное известие: прежнее назначение в Иркутск отменено, и архиепископ назначен на Астраханскую кафедру и может ехать прямо в Астрахань