Осенью 1937г. в городе начались аресты. Архиепископ был уверен, что его непременно арестуют и спокойно и серьезно готовился к этому. Пересматривал записи, письма, уничтожал то, что могло кому-либо повредить. Накануне Рождества Богородицы ему пришла повестка с требованием явиться к городским властям. Его и раньше вызывали в горсовет по церковным делам, но время в повестке было проставлено столь позднее, что он понял: вызывают для ареста. В этот день дочь, почти всегда заходившая к нему в храм, задержалась в школе. Дома Владыка спросил ее: "Ты почему не была на всенощной? Я тебя искал. Я тебя смотрел". И прибавил: "Меня вызывают в горсовет". Затем благословил ее со словами: "Если тебе будут нужны деньги, молись преподобному Серафиму, он поможет тебе. Он всегда мне помогал".
В ту же ночь в дом архиепископа пришли сотрудники НКВД и забрали все его вещи: панагию, Евангелие, духовные книги, дикирий, трикирий и проч.