С самого начала служения в Сызрани епископ Августин стал пользоваться огромным авторитетом среди верующих и объединил вокруг себя все местное духовенство. Это не понравилось властям, и они стали искать повода для ареста архиерея и активной части духовенства и верующих

Вместе с епископом были арестованы 16 священников, один монах и 39 мирян, в том числе старосты и члены церковных двадцаток

Из обвинительного заключения: "Будучи епископом Сызранским, умышленно концентрировал под флагом религиозной общины Казанского собора все реакционно настроенное духовенство, бывших торговцев, бывших людей и монашеско-кликушествующий элемент. Устраивал систематические сборища нелегального характера".
Обвинялся также в организации систематической материальной и денежной помощи высланному и заключенному духовенству и их семьям. Являлся формальным сергиевцем, в то же время был ярым противником в признании соввласти и Декларации".
На вопрос, какой характер носила его переписка с верующей молодежью из Иваново-Вознесенска, он ответил: "Переписка носила личный характер, т.е. вопросов, касающихся религиозного миросозерцания, отношения к родственникам и т.д. По вопросу о религиозном миросозерцании я отвечал, что верить в материализм и материю и срамно, и ненаучно, и несовременно".
Виновным себя признал только в оказании помощи заключенному духовенству, в остальном — нет

В период следствия содержался под стражей в Сызранском Домзаке

Лагерь находился в глухом лесу. Заключенные занимались сбором смолы. Эта работа считалась легкой, но норма была так высока, что далеко не всегда ее можно было выполнить, а невыполнивших лишали пайка. Позже работал в лагерном медпункте. Для получения медикаментов его иногда отпускали в город. Спустя некоторое время Владыка стал получать посылки от близких, и если бы не помощь духовных детей, вряд ли смог выжить в суровых условиях лагеря. Он строго соблюдал все посты и никогда не ел ничего мясного, а отдавал другим заключенным. Однажды к Владыке в лагерь приехали его духовные дочери, им разрешили краткое свидание