В конце августа 1941 года при митрополите Сергии (Воскресенском) была организована Псковская Духовная Миссия. Митрополит направил несколько образованных священников, в том числе и о.Николая, в оккупированную немцами Псковскую область с миссионерской целью. Приезжая в деревни, священники крестили детей и взрослых, венчали, исповедовали, причащали, отпевали, совершая все церковные таинства и требы. Узнав, что в такую-то деревню приехал священник, люди стекались туда со всех сторон. Исполнив возложенную на него миссию, через полтора месяца о.Николай вернулся в Ригу, где продолжал работать секретарем Епархиального управления. В августе 1942г. в семье Трубецких родился сын Николай

Одновременно с работой секретарем Епархиального управления о.Николай продолжал служить в Покровской церкви в Риге, а с сентября 1942 года в течении трех месяцев являлся редактором миссионерского журнала "Православный Христианин"