В сентябре 1903г. епископом Гдовским Константином (Булычевым) возведен в сан иерея и назначен настоятелем домовой церкви при Институте Гражданских инженеров

Курс богословия в институте читал интересно и пользовался заметной популярностью среди студентов. Перед началом учебного года 1 сентября 1904г., после молебна, о.Михаил обратился к студентам с проповедью, которая тогда же была издана отдельной брошюрой "Основная задача высшего образования", которая в 1992г. под названием "Быть истинным человеком" была перепечатана газетой "Московский университет". С 1903г. по 1905г. о.Михаил был соредактором и соиздателем журнала "Православный путеводитель". Одновременно с 1903г. был преподавателем Закона Божиего в ряде гимназий. В октябре 1908г. о.Михаил назначен членом епархиального миссионерского Совета. В 1908–1910гг. состоял членом правления СПб Духовной Семинарии. Одновременно в эти годы о.Михаил преподавал Закон Божий в реальном училище Г.К.Штемберга, частных гимназиях П.М.Иозефовича, Ю.С.Ивановой, М.П.Стоюниной. Среди его учеников были Мария и Дмитрий Шостаковичи. На его публичные лекции всегда собиралась полная аудитория. Многогранная и плодотворная деятельность о.Михаила Чельцова была отмечена многими церковными наградами