В семинарии вел предмет "по истории и обличению русского раскола и старообрядчества", успешно вел миссионерскую работу. Он поступил в Калужское Братство во имя св.ап.Иоанна Богослова и вскоре стал делопроизводителем его Совета. Опубликовал большое количество статей в епархиальной периодической печати. В 1897г. участвовал в III Всероссийском миссионерском съезде в Казани. Осенью 1898г. он был приглашен из Калуги в Санкт-Петербург

Назначен на должность епархиального миссионера по борьбе с расколом и сектами. 18 ноября 1899г. в Казанской Духовной Академии состоялась защита его магистерской диссертации на тему "Церковь Королевства Сербского со времен приобретения ею автокефальности (1879–1896)".
В сентябре 1901г. причислен к канцелярии Обер-прокурора Синода, с января 1902г. — коллежский асессор, а в июле 1902г. произведен в надворные советники. Однажды, во время поездки на малую родину, к родному отцу, Михаил Чельцов познакомился с благонравной девушкой, принадлежавшей к старинной священнической фамилии — Анной Федоровной Агломазовой (ок.1874г.р.); тогда она гостила у сестры. До этого Анна всерьез задумывалась о монашеской жизни, но встреча с Михаилом заставила ее пересмотреть свои планы на жизнь. В 1902г., по благословению родителей, молодые обвенчались. Впоследствии в их семье родилось семеро детей: четыре сына и три дочери. Сыновья: Павел (1905–1943). арестован в 1922г. по делу "о сопротивлении изъятию церковных ценностей", оправдан. Погиб на фронте. Василий (1908–1988), в 1933г. исключен из Ленинградского химико-технологического института, ушел добровольцем на фронт, впоследствии — известный ученый-металлург. Семен (1915–1942), в 1939г. приговорен к 10 годам ИТЛ, погиб в заключении в Архангельской обл. Георгий (1917 — после 1998), инженер, в 1946г. приговорен к 15 годам ИТЛ, в 1955г. освобожден. Дочери: Анна (старшая, учительница), Александра (учительница) и Мария (ок.1912г.р.)