Вскоре после отъезда архиепископа Венедикта из Новгорода в Казань, в Новгороде было арестовано несколько священнослужителей, один из которых во время следствия показал, что "входил в подпольную организацию", якобы "созданную архиепископом Венедиктом". На основании этих показаний архиепископ Венедикт был арестован в Казани 28 февраля 1937г. и препровожден в тюрьму г.Ленинграда