Епископ Венедикт находился в заключении в тюрьме г.Петрограда. 26 июля 1922г. кассационная Коллегия Верховного Трибунала заменила расстрел на заключение сроком на 5 лет. 3 августа 1922г. постановлением Президиума ВЦИК этот срок (т.е. 5 лет) был сокращен до 2 лет и 6 месяцев заключения. В 1922–1923гг., во время отсутствия Патриарха Тихона, находившегося в заключении, после захвата высшей церковной власти обновленцами, епископом Петергофским Николаем (Ярушевичем), с согласия властей, была объявлена "Петроградская автокефалия", поддержанная многими представителями петроградского духовенства, которые, в свою очередь, с одной стороны заявляли о своей непричастности к решениям заграничного Карловацкого Собора 1921г., а с другой — не признавали обновленческое Высшее Церковное управление (ВЦУ). Из заключении епископ Венедикт направил епископу Петергофскому Николаю (Ярушевичу) письмо, в котором сообщил о том, что не признает образованной епископом Николаем "Петроградской автокефалии", а епископа Николая считает лишь законным викарием Петроградской епархии. 6/19 ноября 1923г. Петроградским губернским судом епископ Венедикт был условно-досрочно освобожден от дальнейшего отбывания наказания. В тот же день епископ Кронштадтский Венедикт (Плотников) в рапорте Патриарху Тихону от 6/19 ноября 1922г. сообщил:
    "6 ноября ст.ст. 1923г. Петроградский Губернский суд, по судебному отделению,
     в Уголовном отделе... в открытом судебном заседании, заслушав и рассмотрев
     дело за N 201 революционного Петрогубревтрибунала осужденного Плотникова
     Венедикта Васильевича приговором от 10 июня по 5 июля 1922г. к высшей мере
     наказания, расстрелу, замененному ВЦИКом лишением свободы на 5 лет, а затем
     сокращенного ВЦИКом до двух лет шести месяцев, за пр.пр. ст.62 и 119.
     Уголовного Кодекса, по ходатайству Губернской Распределительной Комиссии
     на предмет условно-досрочного освобождения от наказания полностью, —
     определил ходатайство Комиссии удовлетворить [т.е. освободить]... 6/19 ноября
     1923г.".
         [РГИА. Ф.83. Оп.1. Д.218. Л.221–221об.] И дальше епископ Венедикт просил св.Патриарха Тихона возвратить его на Кронштадтскую кафедру. Резолюцией Патриарха Тихона от 20 ноября 1923г. все прошения были удовлетворены