Арестовывался ОГПУ в 1929г., сидел в тюрьме около двух месяцев, после чего был освобожден. По данным [1],[6],[7] арестовывался в 1930г. по делу "евлогиевцев". При одном из арестов у Ивана Алексеевича пропала уникальная библиотека и научный архив.