Арестован неким Запалло, ордер на арест подписал Ягода. Основное обвинение, предъявленное А.Д.Самарину выразилось в обвинительном заключении в том, что "а) поставить целью сохранение церкви в качестве активной к/революционной организации, он с 1917г. все время старался держать церковь под властью и влиянием лиц, принадлежащих черносотенной группировке, в которой САМАРИН играл руководящую роль. б) Руководил антисоветской работой Патриарха Тихона до раскаяния последнего перед соввластью, давая линию и тон во всех важнейших вопросах, как например, во время изъятия церковных ценностей, а после изменения Тихоном политики по отношению к соввласти, выдвинул и сорганизовал черносотенное ядро, так называемый "Даниловский синод", при помощи которого постоянно оказывал давление на Тихона, заставляя поворотить его на старую дорогу. в) Руководил деятельностью им возглавляемой черносотенной группировке в гор. Сергиево-Посаде, состоящей из бывших людей, проводя в жизнь решения и постановления последней. г) Подчинил себе гр-на ПОЛЯНСКОГО Петра Федоровича (митрополита Петра), так называемого патриаршего Местоблюстителя, руководил работой последнего, корректируя и утверждая даже письменные распоряжения Петра, сносясь с ним через посредствующих лиц и отдав под его контроль черносотенного даниловского синода" (орфография и стилистика подлинника).