Арестован вторично вместе с Рачинским. В 1918–1919гг. с "благословения" центральной власти ее местные органы по всей стране проводили кампанию по закрытию монастырей и по вскрытию мощей почитаемых Русской Церковью ее святых угодников. Эти вскрытия вызвали протесты верующего народа, а иногда и серьезные эксцессы. Один из них произошел под Москвой в Саввино-Сторожевском монастыре. Московский Ревтрибунал в 1918г. рассмотрел дела привлеченных по этому делу и вынес приговор, но в апреле 1919г. следствие было продолжено и к ему были присоединены дела еще ряда лиц, в основном из московского духовенства, которые были обвинены в активной пропаганде антисоветской деятельности, среди них оказались и А.Д.Самарин и Н.Д.Кузнецов, которые "правоохранительными органами" советской власти были признаны "главными вдохновителями всех контрреволюционных организаций имевших цель... вызвать в самой гуще не совсем осознавших свое классовое положение крестьян и рабочих... активное сопротивление Советской власти ("уготововавшей путь Антихристу", по словам свящ. Полозова), чтобы свергнуть ее... и вернуть власть царя, помещиков и капиталистов". А.Д.Самарин и Н.Д.Кузнецов собой, можно сказать, в значительной мере заслонили других привлеченных по делу лиц. И сам процесс получил название "процесса Самарина-Кузнецова", по делу проходило 17 человек. На допросе А.Д.Самарин заявил: "...После Октября я занялся исключительно церковными делами, будучи товарищем председателя приходского Совета... Я всегда был убежденным монархистом и сознательно служил этому строю... После Октябрьской революции я также, считаясь со всеми обстоятельствами, подчинялся новой власти, оставаясь идейным монархистом, но считаю даже безрассудным в настоящее время какие-либо действия к реставрации монархии... Ни в каких политических союзах, я не состоял... Я открыто и в сношениях с Совнаркомом и других церковных выступлениях по поручению Церковного Собора старался отстаивать необходимость известной связи Церкви с государством без всякого посягательства на свободу Церкви... и ее имущество". 11–15 января 1920г. состоялся показательный судебный процесс под председательством Смирнова, государственным обвинителем выступал Крыленко. В своем заключительном слове Александр Дмитриевич спокойно и с достоинством говорил: "Государственный обвинитель совершенно верно и справедливо сказал, что вменяемые мне в вину нарушения закона, по существу, только повод для привлечения меня к суду как тягчайшего преступника... Процесс... является не моим личным процессом... а процессом "за Бога" и "против Бога". И я открыто заявляю: "я — за Бога", и какой бы приговор, вы, граждане, народные судьи, мне не вынесли, я приму этот приговор, как ниспосланную мне возможность делом подтвердить то, что составляет смысл и содержание всей моей жизни"

Групповое дело "Дело Самарина-Кузнецова. Москва, 1920г." 

Ревтрибунал постановил: Самарина А.Д. и Кузнецова, как "вдохновителей церковной контрреволюции и явных врагов Рабоче-Крестьянской власти расстрелять, но приняв во внимание мощь пролетарского фронта, героические победы рабочих и крестьян над мировой буржуазией и амнистию ВЦИК от 5 ноября 1919г. Самарину и Кузнецову расстрел заменить заключением в концлагерь до окончательной победы пролетариата над мировым капитализмом". Вскоре этот период конкретизировали — присудили заключение на 25 лет

24 июня 1920г. постановили не применять к ним амнистии как активным врагам пролетарской власти. 26 ноября 1920г. Ревтрибунал по амнистии срок сократил до 15 лет. По постановлению Ревтрибунала Александр Дмитриевич был освобожден в марте 1922г.