Вскоре были арестованы помощники епископа Феофана — протоиерей Шестаков и секретарь Желателев. Опасаясь применения к ним репрессий, 17 октября 1918г. епископ Феофан по собственному почину лично отправился для объяснения в Пермскую ЧК, где был арестован и заключен под стражу в Пермский арестный дом