В июле 1937г. в Осташкове органами НКВД было сфабриковано дело по обвинению нескольких священнослужителей и мирян. 25 июля 1937г. о.Нил был арестован по ложному обвинению в участии в контрреволюционной организации церковников, проводивших антисоветскую агитацию. Впоследствии о.Нил объяснял свой арест кознями обновленческого духовенства. При обыске в доме священника ничего "крамольного" не нашли