13 февраля 1930г. епископ Иаков был арестован в Балашове по делу о "контрреволюционной церковной организации" священнослужителей и мирян. В этот период ОГПУ сообщало что несмотря на некоторые обязательства епископа Иакова, возникшие в 1923г., он "упрям, настойчив, категорически отказался выполнять наши поручения и на явки не являлся".
По делу было арестовано пятнадцать человек — священнослужителей, монахинь и мирян. Среди них 12–13 февраля 1930г. был арестован и епископ Иаков. Всех арестованных поместили в тюрьму в городе Балашове