В заключении епископ Иаков фактически не прекращал управление епархией. В марте-апреле 1925г. епископ Иаков, находясь в тюрьме, инициировал ходатайство о создании легальных органов управления православной епархией. По его поручению группа оренбургского духовенства обратилась сначала к местной, а затем, не добившись результата, и к центральной власти, с просьбой о регистрации нового Епархиального управления — уже открыто староцерковнического. Однако ходатайство оказалось безуспешным. 22 августа 1925г. епископ Иаков был отпущен из-под стражи под подписку о невыезде в связи с окончанием следствия и ожиданием приговора